این اثناء الوند بیک از راه نخجوان به سوی تبریز حرکت کرد، و مردم تبریز در غیاب شاه اسماعیل و قزلباشان با شادی از او استقبال کردند، و شهر را داوطلبانه به او تسلیم کردند، مردم تبریز به گمان آن که دیگر دوران سیاه و کابوسی قزلباشان به سر رسیده است، شهر را آذین بستند و چند روز به جشن و پایکوبی مشغول شدند، او باشان شهری و دسته‌های تبرائی و بقایای قزلباشان از شهر گریختند.
ولی شادی مردم تبریز چندان دیرپا نبود، سران قزلباش همینکه از تسلیم تبریز به الوند بیک اطلاع یافتند ارزنجان را نیمه‌تاراج کرده رها ساختند، و به سوی تبریز تاختن گرفتند، الوند بیک برای مقابله با آنها از شهر بیرون شد، ولی در برابر آنها شکست یافت و شهر دوباره به دست قزلباشان افتاد، الوند بیک پس از این شکست به همدان گریخت، و از آنجا به بغداد و سپس به دیاربکر رفت، ولی از آن پس هیچگاه به فکر مقابله با قزلباشان نیفتاد، و حدود یک سال بعد در ارزنجان درگذشت.
این بار قزلباشان بیش از پیش مردم فلک‌زدة تبریز را نشانة تیر انتقام ساختند، و بخش عظیمی از باقیماندگان شهر را به انتقام همکاری با الوند بیک قتل عام کردند، و هزاران خانه را به آتش کشیدند، در این اثناء مراد بیک بایندر که در شیراز مستقر بود، به قصد نجات آذربایجان حرکت کرد و در همدان اردو زد، سران قزلباش شاه اسماعیل را برداشته در دوازده هزار جنگندة تاتار به مقابلة مراد بیک شتافتند، در نبرد سختی که نزدیک همدان درگرفت مراد بیک شکست یافته به شیراز گریخت، همدان و نواحی اطراف به دست قزلباشان افتاد، و در آن شهر و روستاهای تابعه دست تعدی و تخریب گشودند، آنها سپس از آنجا راهی اصفهان شدند، و شهر را در محاصره گرفتند، و بعد از مدت کوتاهی اصفهان را متصرف شدند، آنها با این عقیده که اصفهان از ممتلکات مراد بیک است و باید تنبیه شود، در آن شهر دست به چنان فجایعی زدند که جنایت‌هایشان در آذربایجان در مقابل آن اندک می‌نمود، هرچه مسجد و مدرسه و ابنیة تاریخی بازمانده، از دوران طاهری‌ها و دیلمی‌ها و سلجوقی‌ها و تیموری‌ها در اصفهان وجود داشت به دست آنها آسیب دید، بخش اعظم علما و فقها و مدرسان و اهل دانش به کشتن رفتند، کشتار مردم اصفهان چندین روز متوالی ادامه داشت، و بخش عظیمی از مردم اصفهان قتل عام شدند، در این میان اموال مردم به غارت رفت و مزارع و باغستان‌ها به آتش کشیده شد.
شاه اسماعیل سپس اصفهان و کلیة زمین‌های تابعه را به عنوان تیول به دامادش (شوهر خواهرش) دورمیش خان شاملو فرزندی عبدی بیک بخشید، در اصفهان نیز مثل تبریز و اردبیل جماعات اوباش و بزهکار شهری به خدمت قزلباشان درآمدند، یکی از چنین افرادی مردی به نام حسین بنا بود که با لقب میرزا حسین معمار به عنوان حساب‌دار دورمیش خان منصوب شد، دورمیش خان این مرد را نمایندة تام الاختیار خود قرار داد، و او را با منصب وزیردیوان در کاخ فرمانروائی اصفهان نشاند، او همة اختیارات خودش را که مالکیت تام اصفهان و آبادی‌های تابعه بود به این مرد تفویض کرد، گروهی از قزلباشان تاتار را به او سپرد، و خود با اردوی شاه اسماعیل حرکت کرد، وظیفه‌ئی که به حسین بناه محول شد آن بود که مالیات‌های اصفهان و توابع را جمع‌آوری کرده برای دورمیش خان بفرستد، حسین بنا از آن پس صاحب اختیار جان و مال و ملک مردم منطقة اصفهان شد، و به وسیلة کارگزارانش که عموماً اوباشان و بزهکاران شهری بودند دست تعدی به جان و مال مردم اصفهان گشودن گرفت، او با کسب اجازه از دورمیش خان چندین روستای حاصل‌خیز اصفهان را برای خودش گرفت، و سند مالکیت‌شان را از شاه اسماعیل دریافت کرد، و در مدت کوتاهی به یک بزرگ مالک تبدیل شد.
قزلباشان پس از تصرف و تاراج اصفهان به قصد شیراز حرکت کردند، مراد بیک بایندر که نیروهایش اندک بودند، و می‌دانست که از پس قزلباشان برنخواهد آمد در شهر متحصن شد، قزلباشان شهر را در محاصره گرفتند، سرانجام در مهر ماه 882 شیراز سقوط کرد، و مراد بیک راه فرار درپیش گرفت.
شیراز در آن زمان یکی از بزرگترین مراکز فرهنگی ایران بود، و چندین مدرسه با صدها مدرس در آن وجود داشتند، و مردمش عموماً شافعی‌مذهب بودند، و تا جائی که اسناد تاریخی نشان می‌دهد کسی از مردم شیراز و دیگر شهرها و روستاهای فارس مذهب شیعه – نه شیعة زیدی نه شیعة امامی – نداشت، شیراز علاوه برآن که یک شهر صنعتی و بازرگانی و مرکز وصل بندرهای جنوب کشور به درون کشور بود، یکی از شهرهای مقدس کشور نیز به شمار می‌رفت؛ زیرا از دیرباز مسکن بسیاری از رجال بزرگ دین و ادب و فرهنگ بود، مسجد عتیق شیراز که توسط یعقوب لیث صفار در نیمة قرن سوم ساخته شده، و در زمان عضدالدوله که شیراز را پایتخت کرد به اوج شکوه رسیده بود، یکی از بزرگترین حوزه‌های دینی ایران محسوب می‌شد، از این مدرسه بود که ده‌ها دانشمند نامدار به نقاط مختلف ایران و حتی به مصر اعزام شده بودند، در این شهر بزرگانی آرمیده بودند که سعدی، حافظ، خواجو، شیخ روزبهان، شیخ عبدالله خفیف، از جملة آنها بودند، بر فراز سر در دروازة شیراز قرآن بزرگی به عنوان تبرک نگهداری می‌شد که مردم شنیده بودند، یکی از عُرفای بزرگ فارس به دست خودش تحریر کرده بوده است، در مسجد عتیق شیراز هشت سنگاب بزرگ مزین به انواع زینت‌ها و سنگنوشته‌ها مخصوص وضو نصب بود که از یادگارهای هنری زمان عضدالدوله بود، و مردم عقیده داشتند که هرکه در این سنگاب‌ها وضو بگیرد و در مسجد عتیق نماز بخواند ثواب یک حج خواهد برد، در میان صحن مسجد عتیق بنائی وجود داشت که آن را خدایخانه می‌گفتند، و این نیز از یادگارهای دوران دیلمی بود، این بنا علاوه برآن که مرکز تعلیم حج به کسانی بود که قصد رفتن به مکه را داشتند، جایگاه نگهداری یک نسخة نفیس از قرآن بود که می‌گفتند: شیخ روزبهان خنجی به دست خودش نوشته بوده است، اینها و ده‌ها مورد مشابه دیگر شهر شیراز را به زیارتگاه مسلمانان ایران مبدل ساخته به آن شهر تقدسی عظیم بخشیده بود، شیراز قدسیت خویش را از عهود باستان حاصل می‌کرد، و به سبب نزدیکیش با استخر از احترام خاصی نزد ایرانیان برخوردار بود، این تقدس به حدی بود که حتی کشورگشایان ایلخانی و تیموری به آن شهر به دیدة احترام نگریسته بودند، و وقتی شهر را متصرف شده بودند به پاس احترام بزرگانی که در شیراز آرمیده بودند، حرمت مردم آن شهر و بناهایش را حفظ کرده بودند.
ولی قزلباشان تاتار صفوی نه برای تاریخ و فرهنگ ایران ارزش قائل بودند، و نه حرمتی برای بزرگان تاریخ ایران می‌شناختند، و نه مفهوم مردمش و با همة عظمت ایران را درک می‌کردند، در نظر آنها شهر شیراز با تمام مردمش و با همة آثار تاریخیش و با همة مساجد و مدارس و گنبدهایش یک شهر سنی بی‌دین و دشمن بود که باید نابود می‌شد، آنچه آنها نسبت به شیراز در دل داشتند کینه‌ئی شدید بود که از کینه‌هایشان به سنی‌ها ناشی می‌شد، برای آنها همة بق